凝膠色譜儀是使用大小不同的分子在多孔固定相（凝膠）中的選擇性浸透來分離的，適用于分離分子量不同的大分子物質（Mr＞2000）。

一、洗脫次序：

凝膠色譜中組分與凝膠之間無作用力，僅僅根據分子量大小來分離。凝膠是有一定孔徑散布范圍的多孔物質，組分進入色譜柱后，向凝膠的孔中分散，保存程度取決于孔和組分分子的大小。小分子悉數滲入小孔中，在流經色譜柱時閱歷的旅程zui長。大分子徹底被排擠在孔外，閱歷的旅程zui短。中等大小分子滲入部分較大的孔，而被較小的孔排擠，閱歷的旅程居中。故洗脫次序是組分分子大小（分子量）的函數。

二、分配系數K：

        組分進入色譜柱，從高濃度的流動相向凝膠的孔中分散，分散平衡時：

        小分子一半在孔內，一半在孔外，K = 1。

        大分子（直徑大于凝膠孔徑），被悉數排擠在凝膠孔隙外，K = 0。

        中等大小分子的直徑介于以上兩種極限之間，0＜K＜1。

        故在凝膠色譜中，0≤K≤1。